La Sección Cuartad el Consejo de Estado precisó que la exención del ICA preceptuada en el artículo 16 del Código de Petróleos y reafirmada mediante la Ley 141 de 1994, está sujeta a condición por virtud de la letra c), ordinal 2.°, del artículo 39 de la Ley 14 de 1983 (codificada en el artículo 259 del CRM), en el sentido de que esta indica que los ingresos originados en actividades de explotación de canteras y minas, diferentes de sal, esmeraldas y metales preciosos, pueden ser gravados con el referido impuesto cuando el valor a que tenga derecho la jurisdicción municipal por concepto de regalías sea inferior al monto correspondiente a la cuota liquidada por concepto del ICA; bajo esas restricciones, coexisten el cobro del impuesto y de las regalías. Pero, en caso de que lo que se reciba por regalías sea igual o superior al ICA causado en la jurisdicción municipal, el ingreso percibido por el sujeto pasivo por la realización de dichas actividades estará exento del impuesto.
La línea jurisprudencial, que se reitera en esta oportunidad, también pone de presente que desapareció la ratio decidendi a partir de la cual esta Sección concluyó en el pasado que la actividad de explotación de hidrocarburos estaba exenta en los términos absolutos del artículo 16 del Código de Petróleos, pues la tesis de la Corte Constitucional que la amparaba (sentencias C-567 de 1995, C-221 de 1997 y C-537 de 1999) fue revocada expresamente por ese mismo tribunal.
Adicionalmente la Sala señaló que en la sentencia C-669 de 2002 se puntualizó que si bien en las Sentencias C-221/97 y C-987/99 se señaló la imposibilidad de que coexistieran impuesto y regalía se precisó que regalía y tributos bien pueden coexistir en este campo, toda vez que la Constitución no impone la incompatibilidad a que aluden esas decisiones; y luego en la sentencia C-1071 de 2003 se advirtió expresamente que
los anteriores criterios jurisprudenciales fueron revisados posteriormente por la Corte, y actualmente no constituyen precedentes vigentes … A partir de todo lo anterior, puede concluirse lo siguiente: … b) el cobro de regalías es constitucionalmente compatible con el cobro de impuestos a la explotación de recursos no renovables y; c) corresponde al legislador establecer si al tiempo con el cobro de regalías, establece impuestos a la explotación de recursos no renovables».
Por lo anterior, el criterio judicial vigente de la Sección plantea que en el artículo 16 del Código de Petróleos se encuentra una exención general, pero que, de modo particular, en cuanto se refiere al ICA, el legislador estableció una exención en la letra c) del ordinal 2.° del artículo 39, de la Ley 14 de 1983, razón por la cual esta última disposición reviste el carácter no solo de ser una norma posterior sino también especial cuya aplicación prevalece sobre el artículo 16 del Código de Petróleos.
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